寻找冠状病毒变体:如何找到新的人以及我们到目前为止所知道的

自COVID大流行早期以来南非基因组学监测网络一直在监测SARS-CoV-2的变化。这是一个很有价值的工具,可以更好地了解病毒如何传播。2020年底,网络检测到一种新的病毒谱系,501Y.v2,后来被称为β变体。现在已经确定了一个新的SARS-COV-2变体 -B.1.1.529。世界卫生组织有宣布它是一个关注的变体,并将其分配了omicron。为了帮助我们了解更多,谈话非洲的ozayr patel要求科学家分享他们所知道的。

这项研究背后的科学依据是什么?

寻找变体需要一致的努力。南非和英国是全国范围内实施第一所在国家基因组的监测努力对于SARS-COV-2早在2020年4月。

变异搜寻听起来令人兴奋,但它是通过对病毒检测呈阳性的样本进行全基因组测序来完成的。这个过程包括检查每一个获得的序列与我们所知道的在南非和全世界传播的序列的差异。当我们看到多个差异时,就会立即发出警告信号,我们会进一步调查以确认我们所注意到的。

幸运的是,南非为此做好了准备。这要感谢公共部门实验室结果的中央存储库国家卫生实验室服务(NGS-SA),与私人实验室的良好联系西开普省省卫生数据中心,最先进的造型专业知识

此外,南非有几个实验室可以培养和研究实际的病毒,并发现疫苗接种或以前感染后形成的抗体能够在多大程度上中和新病毒。这些数据将使我们能够确定这种新病毒的特征。

与“野生类型”或“祖先”SARS-COV-2相比,人们之间的β变种更有效地蔓延得多。因此,它被归类为一个关注的变种。在2021年期间,又称令人担忧的变体叫做三角洲在其中大部分世界,包括南非,造成的第三大流行浪潮

最近,基因组学监控成员实验室的网络常规测序检测到一种新的病毒谱系,叫B.1.1.529.,在南非。在2021年中期在豪登省收集的七十七个样本有这种病毒。邻近博茨瓦纳和香港的少数人也报告了它。据报道,香港案件来自南非的旅行者

世界卫生组织给了B.1.1.529命名为Omicron,并将其归类为concern的变体,像beta和delta

为什么南非表现出不同的担忧?

我们不确定。当然,这似乎不仅仅是监测这种流行病毒的共同努力的结果。一种理论认为,免疫系统高度受损的人,以及因无法清除病毒而经历长期主动感染的人,可能是新病毒变异的来源。

他们的假设是,某种程度的“免疫压力”(这意味着免疫反应不够强大,不足以消灭病毒,但却产生某种程度的选择压力,“迫使”病毒进化)为新变异的出现创造了条件。

尽管有一项针对艾滋病毒感染者的高级抗逆转录病毒治疗方案,但南非有许多人感染了晚期艾滋病毒,没有得到有效的治疗。一些临床案例已经调查了这种支持这个假设但还有很多需要学习的地方。

为什么这种变体令人担忧?

答案很简单,我们不知道。长一点的答案是,B.1.1.529携带了一些令人担忧的突变。之前在这种组合中没有观察到它们,而刺突蛋白本身就有超过30个突变。这一点很重要,因为刺突蛋白是大多数疫苗的组成部分。

我们也可以说,B.1.1.529的遗传谱与其他流行的感兴趣和关注的变异非常不同。它似乎不是“德尔塔的女儿”或“贝塔的孙子”,而是代表了SARS-CoV-2的一个新谱系。

其中一些遗传变化是从其他变体中已知的,我们知道它们可以影响传播性或允许免疫逃避,但许多是新的,并且尚未研究。虽然我们可以做出一些预测,但我们仍在研究突变将影响其行为的程度。

我们想知道病毒在接种或回收的人中“逃避”免疫反应的传染性,疾病严重程度和能力。我们通过两种方式研究这一点。

首先,仔细的流行病学研究试图查明新的谱系是否在传播性、感染接种过疫苗的人或以前受感染的人的能力等方面出现变化。

与此同时,实验室研究检验了病毒的特性。将其病毒生长特性与其他病毒变体进行比较,并确定在接种疫苗或康复患者血液中发现的抗体能在多大程度上中和该病毒。

最后,当考虑到所有这些不同类型的研究结果时,在B.1.1.529中观察到的基因变化的全部意义将变得明显。这是一项复杂、要求高、成本高的工作,将持续数月,但对于更好地了解病毒和制定抗击病毒的最佳战略不可或缺。

早期迹象表明这种变异会导致不同的症状或更严重的疾病吗?

目前还没有任何临床差异的证据。已知的是,在豪登省(该国第四次大流行的地方),B.1.1.529感染病例迅速增加似乎正在开始。这表明易于传播性,尽管在宽松的非药物干预和少数案件的背景上。因此,我们不能真正讲述B.1.1.529是否比以前普遍的关注变体更有效地传播Delta。

COVID-19更有可能在老年人和慢性患者中表现为严重的、往往危及生命的疾病。但最先接触到新病毒的人群往往是年轻人、流动人口和通常健康的人。如果B.1.1.529进一步传播,就疾病严重程度而言,需要一段时间才能评估其影响。

幸运的是,迄今为止检查过的所有诊断测试似乎都能识别出这种新病毒。

更棒的是,一些广泛使用的商业分析显示了一种特定的模式:三个目标基因组序列中有两个是阳性的,但第三个不是。这就像新的变体在现有的测试中始终能够满足三个条件中的两个。这可以作为B.1.1.529的标记,这意味着我们可以快速估计每天和每个地区由于B.1.1.529感染而产生的阳性病例比例。这对于实时监测病毒的传播非常有用。

目前的疫苗有可能预防这种新变种吗?

同样,我们也不知道。已知的病例包括接种过疫苗的人。然而,我们已经了解到,接种疫苗提供的免疫保护随着时间的推移而减弱,它对感染的保护不如对严重疾病和死亡的保护大。已经开始的一项流行病学分析是观察有多少接种疫苗的人感染了B.1.1.529。

B.1.1.529可能逃避免疫应答的可能性是令人不安的。充满希望的期望是,已经发现的高血清升迁率,被感染的人发现几项研究将在至少一段时间内提供一定程度的“自然疫感”。

最终,迄今为止对B.1.1.529的所有了解都表明,普遍接种疫苗仍然是我们对抗严重COVID-19的最佳选择非药物干预这将大大有助于医疗系统应对即将到来的浪潮。

沃尔夫冈教授价格,头部:医学病毒学分工,斯坦陵布什大学;凯瑟琳Scheepers高级医学科学家大学Witvatersrand;Jinal Bhiman,国家传染病研究所的主要医学家(NICD),国家传染病研究所;玛丽埃杰·透气,头部:人畜,arbo和呼吸病毒计划,教授,部门医学病毒学,比勒陀利亚大学,Tulio de Oliveira,主管:夸祖鲁-纳塔尔研发创新测序平台,夸祖鲁-纳塔尔大学的

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